Buďte připraveni na daňovou kontrolu

Proč při daňové kontrole nerozhodují jen čísla, ale především důkazy.

Řada podnikatelů považuje daňovou kontrolu za něco, co se týká především oblasti účetnictví. Pokud jsou doklady správně zaúčtované a daňové přiznání bylo podáno včas, mají pocit, že není čeho se obávat. Praxe je však podstatně složitější.

Michala Darebná

Radek Buršík

7. 9. 2026

Daně, Právo

Současné pojetí daňové kontroly už dávno není jen samotnou kontrolou čísel. Ve skutečnosti jde především o přezkum dokumentace prokazující skutkový stav. Finanční úřad dnes disponuje rozsáhlými analytickými nástroji, výměnou informací, využívá informace z jiných řízení, křížově porovnává údaje mezi obchodními partnery a opírá se o stále bohatší judikaturu správních soudů. Úspěch při kontrole závisí nejen na tom, zda byla transakce skutečně provedena, ale také na schopnosti její průběh prokázat.

Daňová kontrola začíná dříve, než si většina podnikatelů uvědomuje

Významnou změnou posledních let je upřednostnění možnosti napravit chyby dobrovolně, ještě před zahájením daňové kontroly. Pokud má finanční úřad indicie, že daňový subjekt stanovil svoji daň nesprávně a lze důvodně předpokládat, že mu bude daň doměřena, měl by nejprve vyzvat daňový subjekt k podání dodatečného daňového tvrzení. Pokud daňový subjekt této možnosti využije, může se vyhnout penále, které by jinak při doměření daně v rámci kontroly standardně činilo 20 % doměřené částky.

Jakmile je však daňová kontrola formálně zahájena, možnost dobrovolné opravy prostřednictvím dodatečného daňového přiznání zaniká. Od tohoto okamžiku již správnost daňové povinnosti posuzuje správce daně v rámci kontrolního postupu a daňový subjekt musí být připraven svá tvrzení doložit odpovídajícími důkazními prostředky.

Nestačí mít fakturu. Musíte prokázat skutečný obsah transakce.

Nejčastější omyl podnikatelů spočívá v přesvědčení, že vystavená faktura, smlouva a úhrada automaticky dokazují oprávněnost nákladu. Daňové řízení však funguje jinak.

Daňový subjekt nese důkazní břemeno. Nestačí tedy tvrdit, že zboží bylo dodáno nebo že služba byla poskytnuta – je třeba prokázat, že transakce byla skutečně realizována, v deklarovaném rozsahu, deklarovaným dodavatelem a že souvisela s ekonomickou činností společnosti.

Právě proto správce daně běžně požaduje nejen účetní doklady, ale také:

smlouvy a objednávky,
e-mailovou komunikaci,
zápisy z jednání,
fotografie,
prezentace,
pracovní výstupy,
svědecké výpovědi,
případně další důkazní prostředky, které potvrzují skutečný průběh obchodního případu.

Jinými slovy – účetnictví představuje pouze výchozí bod dokazování, nikoli jeho konec.

Nejčastější oblasti zájmu správce daně

Zkušenosti z daňových kontrol dlouhodobě ukazují, že správce daně věnuje mimořádnou pozornost oblastem, u nichž daňové subjekty vhodnou a dostatečně průkaznou dokumentaci často podceňují.

Typicky jde o:

reklamní a marketingové služby,
poradenské a manažerské služby,
zprostředkování obchodních příležitostí,
transakce mezi spojenými osobami,
využívání firemního majetku pro soukromé účely,
správnost rezerv, dohadných položek nebo časového rozlišení.

Právě u těchto transakcí bývá rozhodující, zda je podnikatel schopen věrohodně doložit, co bylo skutečně poskytnuto, v jakém rozsahu a za jakým účelem.

Příklad: reklamní služby

Pokud společnost tvrdí, že měla po celý rok pronajatou reklamní plochu, správce daně se zpravidla nespokojí pouze se smlouvou a vystavenou fakturou. Bude zkoumat, zda byla reklama skutečně realizována, kdo ji poskytl, kde byla umístěna, v jakém rozsahu byla prezentována a zda odpovídala sjednaným podmínkám.

Daňový subjekt proto musí být připraven doložit skutečné poskytnutí reklamního plnění vhodnými důkazními prostředky – například fotodokumentací, předávacími protokoly, výstupy z kampaně nebo další dokumentací.

Rozhodovací praxe správních soudů dlouhodobě potvrzuje, že samotná existence smlouvy a faktury k prokázání daňové uznatelnosti zpravidla nepostačuje.

Dokumentace není administrativa. Je to investice do budoucnosti.

Jedním z nejdůležitějších poznatků z praxe je skutečnost, že většina problémů při daňové kontrole nevzniká proto, že by transakce byla fiktivní, ale proto, že po několika letech již neexistují spolehlivé důkazy o jejím skutečném průběhu.

To je také důvod, proč je důležité myslet na dokumentaci ještě v době, kdy obchodní případ vzniká, nikoliv až při samotné daňové kontrole. Mnohé důkazy lze totiž po několika letech jen obtížně dohledat nebo je již nelze získat vůbec.

V praxi se proto často ukazuje rozdíl mezi dokumentací, která postačuje pro běžný chod společnosti, a dokumentací, která obstojí při daňové kontrole. Jinými slovy, je třeba být schopen doložit také skutečný průběh a ekonomický obsah transakce.

Daňová kontrola není boj. Je to proces dokazování.

Řada podnikatelů vnímá kontrolu jako spor s finančním úřadem. Správní soudy však opakovaně zdůrazňují, že daňové řízení má být dialogem mezi správcem daně a daňovým subjektem. Cílem není „nachytat“ podnikatele na formální chybě, ale správně zmapovat skutkový stav. To ovšem předpokládá kvalitní přípravu na obou stranách.

V praxi proto rozhoduje nejen obsah odpovědí, ale také jejich načasování, konzistence a procesní správnost. Jedna nepromyšlená reakce nebo nepřesně formulované vyjádření může ovlivnit celý další průběh kontroly.

Příprava je nejlepší obranou

Daňová kontrola není zkouškou improvizace. Je výsledkem dlouhodobě nastavených procesů, kvalitní dokumentace a správně zvolené strategie komunikace se správcem daně.

Správně nastavené procesy a kvalitní dokumentace nejsou administrativní zátěží. Jsou nejlepší obranou při daňové kontrole.